IPv4とIPv6はアドレス空間の話。インターネット上の住所表記ね。
田舎だったときは名町何番地でよかったのが、電車が通って駅が出来て開発されて
都会になったら何町何番地では足りなくなっちゃったから、住居表示に切り替えて
何町何丁目何番何号と割り振れるものを多くした。
PPPoEとIPoEは通信プロトコル（方式）の違い。
ここまではフレッツだけの事情ではないですよ。

IPv4 over IPv6は、IPv6 IPoEの通信にIPv4も乗せて運び、PPPoEを使わない方式。
v6プラス、DS-Lite、IPv6オプション（BIGLOBE）はIPv4 over IPv6の商品名（サービス名）。
これはフレッツだけ。