IPoE対応ルーター01がパススルー出来ないのは、配下側に対してなので直列でも一番下に繋げば両方の環境が共存出来る(はず)
図が分かりやすいんで前スレから拝借して改変

■ONU
┗■ 自前ルタ(PPP設定 ルーターモード)
　┗■ v6アルファレンタルルタ

これならIPv4 PPPoEとv6アルファの環境共存はできるが、逆に

■ONU
┗■ v6アルファレンタルルタ
　┗■ 自前ルタ(PPP設定 ルーターモード)

と繋いでも、一番下のルーターからはPPPoE接続が出来ないのでv6アルファとの環境併用は無理
ただしこのパターンでもv6アルファのルーターは問題なく使える ってことなんじゃね？

全部想像なんで違ってたら指摘してくれｗ