そんなに気になるなら
電話アプリの通話履歴すべてメモって
My楽天モバイルの利用状況から通話履歴見て照らしあわせりゃいい

>98も言ってるようにただのメール

消えたSMSもどうせ初期で入ってたSMアプリとプラスメッセージのようなSMSも受信出来るアプリが入ってて
受信した時はクリックして見たがその後は受信されたアプリの方で見てないから消えたとか言ってるだけじゃね