パッチがあたっているとして、
(古い形式)
mkisofs -icode=euc-jp -rr-code=euc-jp -J -R 〜
(新しい形式)
mkisofs -input-charset=euc-jp -output-charset=euc-jp -J -R 〜

単なるデータ焼きなら -r の方がいいか