数値計算がしたいんだけど

LINUX使って数値計算したいんだけどさ、
クラスタリングでもなんでもいいから
どの程度のパフォーマンスがでるかお前ら知ってるの？
知ってるなら書け。

この板のﾔｼはクラスタリングに興味ないんだよね。
>http://pc.2ch.net/test/read.cgi/linux/1000015355/l50
こういうスレとかあるけどさ、
個人レベルでやっても意味ない。

そもそも、なんとなくLINUX使って
誰も使わないのに鯖立てるようなひとばっかりだからな。

>>16
自宅でクラスタ組んでいる間に次の世代のCPUが出ちゃうからね。
無駄なんだよ。自己満足にしては容積も電気代もくいすぎ。

将来BIOSとLinuxのOSがHyperThreadをサポートするようになれば、
XeonとかPentium4の性能はさらに高くなる。現在スレッド多重度は
CPUあたり２のようだが、将来はそれが４とか８になるのだろう。

やっぱ自宅のPCで複数のオートマトンを同じ空間で
飼って交配させて成り行きをみるのが乙でしょう。

江東区サンタフェ、なんちって。

そろばむでもどうですか

数値計算用にカスタマイズされたディストリビューション
ってないですか？X動かなくてもいいんで・・。

>>21
iccとかifc,Mathライブラリを配布できないからだめでしょ。

http://homepage.mac.com/bloombloom/

しかし、GSLって凄いな。

>>22

サーバー機能とか、Xとか余計な機能はすべて取っ払ってあるような
ヤツ探してるんだけど・・。ライブラリなんかは自分で入れるとして。
なるべく軽くしたい。

>>25
だったらFreeBSDかNetBSD使えばいい気がする
Linuxにこだわる特別な理由が無いならね

>>25
なにも既存機からddするわけじゃアルメーシ
「余計」なものインストールしなきゃ良いんだろ
インスコ時の選択がより詳細にできればいいわけで
バカデストだってそれくらいできるだろ
何が「余計」「余計じゃない」ってのは君の脳内しか解らないことだが
何々を収録しろとかいうワガママじゃなければ特に現状で問題ない
と思うが
dc,bcあたりがはいってればいいのか？

> dc,bcあたりがはいってればいいのか？

Pen43.06G+2GBRAM+Linux=電卓♪

MAXIMAとscilabとTeXmacsで電卓代わりにしてます。
そういった話はだめ？

>>27

いや、おっしゃられるとうりなんですけどね。
linuxで数値計算やっている人って多いと思うんだけど、
そういう需要から生まれたディストリビューションないかなーって。
アホな質問してすみませんでした・・。

メジャーなものの中では、SuSEが一番数値計算ユーザーを意識してる
かもしれません。

数値計算するにはいいコンパイラとライブラリがあればいいが、
intel compilerが今は一番いい選択であろう。とすると、
intelが動作を保証しているRedhatが一番数値計算に向いている
と言えるか。

あとは、計算中にOSのオーバーヘッドが少なければいいが、
今のマシンでは99.9%のCPU時間は計算に使われるのでどれで
も同じだ。
昔はメモリをケチって絶対にXは止めてけど、GB単位のメモリを
積んでる今では無視できるね。ただ、Xコンソール開けっ放しに
してると、派手なスクリーンセーバーが動いて50%近くのCPU時間
を使ってることがあるんでそれだけは注意が必要。

＞ linuxで数値計算やっている人って多いと思うんだけど、
＞そういう需要から生まれたディストリビューションないかなーって。
以前は、旧DEC Alphaアーキテクチャ向けにあった。

*BSDでiccって面倒くさくね？

X 動かすのが気になる程度のカスマシンに数値計算させんじゃねぇ。
つか、入ってても動かさなきゃいいだけだろうが。

シングルモードで動かして計算走らせろや。
それか、linux init=<計算>。カーネルと計算だけで究極だ。

>あとは、計算中にOSのオーバーヘッドが少なければいいが、
>今のマシンでは99.9%のCPU時間は計算に使われるのでどれで
>も同じだ。

なるほど。たしかに計算中はCPUの占有率は計算部分が多くなってますね。
それならXでもいいのかな・・。

>X 動かすのが気になる程度のカスマシンに数値計算させんじゃねぇ。
>つか、入ってても動かさなきゃいいだけだろうが。

スパコンと併用して使ってますが、ためし計算するためにlinuxで計算
させるとだいたい２週間ほどかかるわけです。ですから、なるべく
余計な機能を省きたいと思いまして・・。

>>30
Xがインストールされているのと実際に稼働してるのは違うよ
どんな実行プロクラムも稼働してなければ単なるファイルに過ぎない
世界中のアリとあらゆるモノをフルにインストールしてあったって
ダイジョブ
気になるなら目的のプロセス以外全部killしちまえ（わ

究極の軽さを求めるなら、ディストリうんぬんよりも、やはり
いらないオプションを全部外して、カーネルを再構築だな。
それで、きっと0.1%は計算速度が向上するだろう。

>>18
いまのLinuxってHT対応してますか？

ってかP4 3GHz値段たかすぎ。
一学生には届かないよ。手が。

すれ違いsage

athlonなんかでもＨＴみたいなのやってくれればいいのに。
最近半額ぐらいに値下げしてるからね。明日論。

>>39
うちの2.4.18は対応してて、Xeon Dualだけど、/proc/pciにcpuが4つあるよ。
かなり最近対応したみたいなので、ディストリビューションに含まれるkernel
ではダメかもしれません。

でも、私の用途だとマルチスレッド実行しても1割くらいしか速く
なりません。HTはCPUが2つに見せるだけで、実体は1つだからね。

Gentooはどうですか？
自分の環境にあわせて徹底的に最適化できるって公式サイトのインストールガイドで謳ってるんだけど。

Xenonで860チップセットのマザーボードではHTはONになりますか？

>>15
>>32

intel compiler (C言語)ってceleronでも動くんですか？
なんかあくまでpentium用って言われたことがあるのですが・・・。

コンパイラ換えてまでパフォーマンス追及したい奴が
celeronなんか使ってんじゃね〜よって言いたいんだろう

>>44
80386でも使えると思います。当然Cerelonでも使えます。

>>42
だろうけど、インストールするだけで何日もかかるぞ。全部ソースからコン
パイルするっていう意味だから。それがいやならDebianで十分じゃないかな。

>>45
>>46
ありがとうございます。Tualatinだからpentiumにするには
ちょっと億劫なもので・・・。
（それよりslackwareで動かす方が問題アリか？）

>>44
CeleronはPentiumの安物バージョンだからOKさ。
Intelコンパイラは普通のPentiumとかPentiumMMXとかでも動くよ。
ちなみにCeleron1.7GHzは、CPUのコアはPentium4で、キャッシュが128KBの
もの（Pentium4は512KB）。

ギガビットEtherでクラスタ組んで見れば？
SCore載せればそこそこ性能でるんじゃないの？

>>38
その 0.1% の根拠を教えてください。

あはんあはん

>>51
俺がルールブックだ

0.1%の数値の是非は、どうかと思うけど、カーネルをコンパイルしてAthlonやPentium4に最適化すると、
うまくすると、1.5倍くらい速くなったこともあった。(2.4.0-7 5:34 2.4.9 3:42)
2.5.4xでスケジュールが変わったから期待しているが、make xconfigがエラーになるので
まだ試していないが。
gcc3.2で数値計算するとき気をつけないといけないことがあるよ。
それは、外部関数を使うとき、関数宣言にexternをつけないと、コンパイルできても、正常な値に計算されなくなることがある。
gcc2xxでは、大丈夫だったけど。

数値計算の実効コードは普通、四則計算をする、数学関数を使う、データを
メモリから読む、結果をメモリに書くということによって構成される。
これらはネイティブのCPU命令なので、システムには依存しない。

kernelが関係するのは（システムコールを使うのは）、ディスクアクセス、
通信、画面表示などだが、もし、これらをヘビーに使う「数値計算」が
プログラムがあったら、この部分の速度はkernelに依存するだろう。

また、linuxはマルチタスクなので、計算以外にkernelがしているその他の
仕事が計算を圧迫することがある。この「その他の仕事」のCPU占有率は
0.数パーセントである。従って、この部分を最適化しても0.1%くらいしか
性能が向上しないであろうというのが根拠です。

横レスで補足
「データをメモリから読む、結果をメモリに書く」はCPU命令だけでなく、シ
ステムが介在し、カーネルのつくりによる影響をうけますね。

実際、Machカーネルのページフォルトハンドラを書き換えて
実行速度が40%だか向上したという研究があったはず。

>>56
ご指摘の通りです。55は不正確な内容を含んでました。
メモリの扱いはカーネルが関わります。数値計算の場合、
経験から、実際のところは物理的なキャッシュの大きさやメモリ
バンド幅のみに依存すると思ってますが、どうなんでしょうか？
もちろん、仮想記憶を使うような計算では話は別だと思いますが。

やっぱり、Intel Fortran for Linux でしょ。

>>57
そりゃ元の実装が酷過ぎただけでしょ

>>58
巨大な行列を扱う場合なんかで、
hugepage supportは良く効くらしいですな

クラスタ使ってる人、誰もいないの？

クラスタってなんですか？
サタラクラなら知っているんですが。

>>54
ANSI Cではexternて別に付けなくてもいいんじゃなかったっけ？

>>62
クラピカみたいなもんだよ。

>>64
それは、暗にピリカピリララのことを言っているのですか？

π・円周率1兆桁を超えろ！・π
http://pc.2ch.net/test/read.cgi/unix/1039575602/


ぜひ！

IP記録実験
http://qb.2ch.net/test/read.cgi/accuse/1042013605/

1 名前：ひろゆき ◆3SHRUNYAXA ＠どうやら管理人 ★ 投稿日：03/01/08 17:13 ID:???
そんなわけで、qbサーバでIPの記録実験をはじめましたー。

27 名前：心得をよく読みましょう 投稿日：03/01/08 17:20 ID:yL/kYdMc
SETTING.TXT管轄でないということは全鯖導入を視野に、か？

38 名前：ひろゆき ◆3SHRUNYAXA 投稿日：03/01/08 17:22 ID:rLfxQ17l
>>27
鋭いです。

73 名前：ひろゆき ◆3SHRUNYAXA 投稿日：03/01/08 17:27 ID:rLfxQ17l
＞ところで、IPが抜かれて何か今までと変わることってあるのでしょうか？
・今までより、サーバが重くなる。
・裁判所や警察からの照会があった場合にはIPを提出することがある。

>>323
2chはIPをとられていない　安全なインターネットだと聞いていましたが
もうこれでほかのサイトと同じ危険なインターネットになってしまいました

>423
削除じゃなくて補償の話みたいですよ。裁判は。
IP記録してるならより明確に責任逃れが出来ると思われ。

>>539
野暮な事言わないでクリック汁！

これで「２ちゃんねる」は匿名掲示板の看板を下げたわけですが、
「２ちゃんねるガイド」の説明がまだ直っていないみたいです

>誰もが自由に書き込みが出来る匿名掲示板のシステムには、
>アンダーグラウンド（UG アングラ）のイメージが付きまと
>いますが、運営者としてはそういうスタンスではありません。

本運用になったら直すのでしょうか
あとNiftyみたいにですます調で書き込みしないといけなくなるかも (^^;

>>173
意外と簡単に買収されそうなんだが

（＾＾）

喪主

>>54 の
> gcc3.2で数値計算するとき気をつけないといけないことがあるよ。
> それは、外部関数を使うとき、関数宣言にexternをつけないと、コンパイルできても、正常な値に計算されなくなることがある。

これって本当ですか?
本当ならソース書き換えないと…

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http://www.geocities.jp/kgy919/bbs.html

LinuxやFreeBSDが、Machみたくに、プロセスに固有のスワップ領域を
指定できるようになっていればよい。あるいはユーザー毎に使用する
スワップ領域を指定できるようになっているとよい。
スワップを共有領域に置くことは、たとえそれがスーパーバイザーのみが
管理する場所であるとしても、潜在的な危険性があるし、
ユーザーのニーズにより、管理者がスワップ領域を切ったり足したり
しなければならない。ユーザー自身のプロセスで必要な仮想記憶領域を
取るのには、ユーザー自身がスワップを管理するのが一番よいのでは
ないだろうか？　ユーザーが環境変数SWAPFILEに指定すれば、
そちらをのみ使うというのがよいのではないか？

http://www.netlib.org/na-digest-html/03/v03n07.html#2

（＾＾）

で、お前ら何を計算させてるの？
よろしければ教えてください

（＾＾）

しかしヒトすくないな、ここ。
>>81
おれのばあいは本職が物理なんで、研究に数値計算も使うことがある。
例えば量子力学で記述されている系(model)を数値的に厳密に解こうとすると
大規模な行列の対角化が必要になったりする。例えば原子が一直線上に10個だけ並んだ
モデルでも、メモリをG以上食う。色々な工夫はあるんだけどね。

>>83
非線型モデルを解いたりマルチエージェントの世界を創造したり
してますがなにか

>>83
ソースきぼんぬ。
特に「色々な工夫はあるんだけどね。」って所、具体的におながいしまつ。
ソースがMathCode C++ + Fortranなんて奇抜なスタイルだったりするとなお嬉しいでつ。

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>>84
ごめんなさい、別に対したことじゃなくて、厳密対角化に加えて
量子モンテカルロやDMRGも使いましょう、ってくらいの話です。

あと、関係ないんだけど
科学計算でソースといえば、物理版に昔研究に使ったソースは公開
しろ、ってかんじのスレがあったと思うんだけど、みなさんはどう
思いますか?個人的には物理の場合は理論の再現性という観点から
みて、やはりそうすべきではないか、と思うんだが…

まだまだ数値計算はヒヨッコなので、色々教えて欲しいんですが、
Numerical Recipe in C ってどうかな?

あれってFortranのコードを機械的に変換してるだけなの?
かなりソースが汚いと思うんだが。

個人的にはアルゴリズムの勉強には NR 使って、ソース自体は
gslとか見て勉強した方が良いのかな、って思うんだけど。

>>89

「Why Not Numerical Recipes?」
http://members.tripod.com/~Probability/pages01/nr.htm

(オリジナル文書は http://math.jpl.nasa.gov/nr/ にあったと思ったけど、
何故か今は読めない)

>>91
やっぱりかなり信用おけないみたいですね、ＮＲは。
参考になりました。ありがとう！

NR の著者らによる反論→http://www.nr.com/bug-rebutt.html

まあ NR のコードは自分もあんまり好きじゃない/信用してないので、
まじめな用途ではたいてい NetLib 使うかな。でも NetLib で目的の
ルーチン探すのは結構めんどいので、NR で済ませちゃうことも
それなりにある。

件のページを悪く言うと、数値解析の辞書を自分たちで作れなかった
数値解析専門家たちのヤッカミも入ってると思う。というか誰か
『NetLib の歩き方』とか出してくれんかな。

━―━―━―━―━―━―━―━―━[JR山崎駅（＾＾）]━―━―━―━―━―━―━―━―━―

>>88

LES または DNS ですか？

2.6G Hz のPentium4マシンでも,
使いようによっては5GFLOPS近くの性能が出るんだぜ.

まぁ初学者向けの自習書だわな > NR

それよりも「Netlibの歩き方」みたいな文書が欲しい。だれか既に
書いてないかと思ってぐぐったら何故かこのスレが引っかかった...

gcc2.96 でハマった経験のある香具師はおらんかのー
研究室に今だにRH7.3のマシンがあるのじゃが、共用
なので勝手にリプレースするわけにもいかず...

あげちゃえあげちゃえ。

結局MathSciNetかどこかで適当なReview拾って来るのが一番速いかな > Netlibの歩き方

>>103
ずいぶんと過去に向けてのレスだな…
そういう時は、$HOME/local/binにインスコするのだ！
それで逆にはまった香具師の数→(1)

GCCは/usr/localでしょ。
と過去にむけレスしてあげ

>>1
ask ﾏｷｰﾉ

>>107-108
最近になって認識したんだが，ソースコード付属のREADMEやINSTALLに従って
インストールできる人って結構少ない．「make bootstrapって何？」って感じ
の人に出会うことが珍しくない．

非線形 Schroedinger の時間発展だだだ。

Maple9.5って出たらしいけど、どうなん？

おまいら、C++で大規模な連立方程式ソルバのライブラリでおすすめは何ですか?
係数行列は複素数でスパースです。サイズは百万元オーダー。PCクラスタにいくほどの
大きさでもないけど、matlabとかだと、ちと厳しいという程度です。
FORTRANじゃなくC++だとあまり候補がない。。。petscが一番まともな気がするけど
係数行列の性質次第で収束性が異様に悪くなるときがあるので他の候補を物色中。

>>113
CLAPACKじゃだめなの？