俺は問題なく改行されるけど、何が違うんだろ。
w3m-2ch-0.7.1 + w3m 0.5.1 + vim6.3

[書き込む] ===> クッキー確認画面が表示された時、
cat ~/.w3m-2ch/message.txt として、MESSAGE=...
のところを見ると、改行が %0D%0A になっているが、
これがないと改行が消える?