卒業研究でPCクラスタを構築して，並列処理の効率をあげる研究を
しています．
FedoraCore2 がインストールされているマシンなのですが，
FreeBSD 4.10Rがインストールされているマシンと比較して，
どうしても性能が上がらなくて困っています．

ハードウェア構成は，Xeon 2.6GHz x 2 のSMPで，チップセットは不明ですが，
ハイパースレッド対応のものです．
メモリは1GBで，HDDはシーゲートの120GB 7200rpm のものを使っています．
HDDは，UDMAで認識されています．

特に通信速度とディスクIOの性能が著しく悪く，現在開発中のソフトウェアで，
ベンチマークをとってみたのですが，同じスペックのハードウェアで
FreeBSD 4.10-stable が入っているマシンの半分ぐらいしか性能が出ません．

特に，オンボードでintel のギガビットNICがついているのですが，
FreeBSDがインストールされているマシンの30%ぐらいの速度を
出すのがやっとのようです．

ネットワークやディスクに関して，どの部分でチューニングすれば
性能が向上しますか?