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そこに書かれている50nsってのは、ＰＰＳなので時計の精度ではありません
で、時間はと言うと、このパルスとパルスの間にCOMポートから時間情報が出てくるので
その時間を使ってくださいって仕様です

ちなみに、この製品はＧＰＳ受信機であってＮＴＰサーバではありません
この機器から出力される情報を元に時間情報を生成してＮＴＰサーバとかで使ってね
って製品です