top500.org では FreeBSD は選択肢にないよ。
意図的に無視してるんじゃないのかな。

http://www.top500.org/sublist/

ちなみに Linux と FreeBSD は出てきた時期は大差ない。
癖がわかっていて「使える」と思っているなら別にそれはそれでいいと思う。
慣れたOSがいいというのは同意。