たとえば、「スタート」にしても、スタートボタン->すべてのプログラムとたどった状態で硬直してるやつが多数見受けられる状態でこれを取り入れてlinuxが改善するだろうか？

誰が windows ディレクトリやら Documents and settings やら usr やら etc やらのディレクトリの状態を常に監視してるんだ？
そんなもんだれも気にしてない。インストーラーがインストールするし、アンインストーラーがアンインストールする。
./configure && make && make install だろうが rpm -i だろうが dpkg -i だろうがそこに usr やら etc やら入れなくても全然問題ない。