うちの環境(KDE)では、rootで
apt-get install ibus-anthy ibus-qt4
im-switch -s ibus
再起動

だけでibusを使えてます。
scimを削除しなくても大丈夫でした。
設定をしなくてもanthyが最初から選択されていますし、特に問題なく日本語入力できます。