すみません、

>他にもキートップ通りに出ないキーがあり、それは
>setxkbmap -rules evdev -model pc105 -layout us -option "ctrl:nocaps"
>のように、 -rules evdev を指定して setxkbmap を実行すれば、解消しますが、コード

こっちは勘違いでした。

.Xmodmap による変更を一時的に抑止していたつもりが、実は抑止されていなくて、かつ
キーコードの変化のおかげでキーのリマップが意図しないものになっていたのでした。
(.Xmodmap を keysym ではなく keycode で指定していたもので)

というわけで、質問は

「XKBのルールセットが、xorg=base=旧xfree86 から evdev に変わった」という事実は
あるのか、それともウチの環境が変なのか、どちらなのでしょう?

というものです。