うーんそうですか。むしろ、ウチで変になったのは5RCからなんですが…
( Option "XkbRules" "base" は指定しました )

不思議なのは追加でつないだUSBキーボードは xorg=base で認識されることです。
二つで違うのが不便なので、USBの方のキーボードドライバを evdev に変えて evdev に
揃えることはできましたが、逆に PS/2 の方はキーボードドライバーを kbd にしても
evdev にしても rules が evdevになってしまうので、base=xorg で揃えることが
出来ないでいます。

個人的には、原因さえわかれば、「これからはevdevで揃える」でも構わないんですが…