自分も、特に気にしてなかったですが、
インストール中のパッケージリストで重複しているみたいですね
rpmって同一名称、同一バージョンのパッケージって重複してインストールできるのでしたっけ？

以下でも重複しているのが確認できます
ttp://dist.momonga-linux.org/pub/momonga/5/Momonga/i686/os/repoview/gnome-desktop.group.html
ttp://dist.momonga-linux.org/pub/momonga/5/Momonga/i686/os/repoview/base-x.group.html