俺も同じ構成で使ってたが、GUIに関しては、Ubuntuのほうが重いと感じたな
多分kernelもX11もcompizも、Windowsのそれ相応の機能より早いか同じくらいなんだろうが、gtk/qtが足を引っ張ってると感じた
Cairo+glitzとかArthurとかあんまり普及してないし（そもそもUbuntuのCairoはglitzサポートが切ってあるし）、Windows7ではGDIのアクセラレーションが一部復活するみたいだから、GUIのパフォーマンスではまた水をあけられるんだろうな