方法はそれでいいけど、エンコは一回にした方がいいでしょ
中間ファイルを無劣化にするのも一つのやり方だけど
ここにコマンド一回でのやり方が色々載ってる
http://ch.nicovideo.jp/nico-lab/blomaga/ar5633

あと、avisynthで映像を作って、ffmpegに食わせるって方法もあるよ