>>121さん、ありがとう！
とりあえずデスクトップ、回復しました。
Windows のエクスプローラに対応するのが、PCMan FM で、
デスクトップ・右クリックメニューの「設定」を選んだら、
PCMan FM の設定ウィンドウが表示されるようになっていたのですね。

でも、Wine の方がうまくいきません。
applications.menu は、/usr/share/app-install/desktop/ にありました。
~/.config/ に menus フォルダを作って、その中にコピーして、
テキストエディタで開いたのですが、消せばよいと言われた

　<Menu>
　　<Name>wine-wine</Name>
　　<Deleted/>
　</Menu>

という記述がありません。

英語のページでは、スタートメニューの右クリックから、
「edit menus」を選べばよいって書かれていたのに、
ぼくの lxubuntu の場合、
メニュー設定の項目の色が薄くなっていて選択できません。
またお知恵をお貸し下さいませんか？