みなさん、貴重なご意見ありがとうございます。
ひとつずつ検証して結果をレスさせていただきます。
なにぶん、1週間たつと頭が真っ白になっていますので・・・


その前に、386の訂正です

デバイスをいきなり2台削除したのではなく、
# mdadm --manage /dev/md0 -f /dev/hda2
でスペアのhdd6がアクティブ（同期される）ことを/proc/mdstatで確認

# mdadm --manage /dev/md0 -f /dev/hdd1
で
# cat /proc/mdstat
Personalities : [raid6] [raid5] [raid4]
md0 : active raid5 hdd5[2] hdd6[0] hdd1[3](F) hda2[4](F)
1975680 blocks level 5, 64k chunk, algorithm 2 [3/2] [U_U]
を確認　（3台構成のうち2台が生きている状態）

その後で、
# mdadm --manage /dev/md0 -r /dev/hda2
# mdadm --manage /dev/md0 -r /dev/hdd1