MD v0.9はうろ覚えだから省略したけど、これも末尾にメタデータ置いたと思うのでアライメント問題は起こさないはず。
AFTなのに512B/sectorと認識されるのは「なのに」じゃなくて正しい仕様。ただ、OSによってはAFTであることを検出して、書き込み手順を最適化するらしい。

まあアライメントがずれててもバッファリングありの書き込みだとたいして影響しない。
データベースとかでO_SYNC/O_DIRECTな書き込みばかりしてるなら気になるだろうけど。