うちのメインを以下のような設定にしてる。

1. /tmpをtmpfsに
2./や/homeのマウントにnoatimeをつける。
3.swapを別HDDへ
4.swap頻度を減らす
5.$ sudo gedit /etc/sysctl.conf
vm.swapiness = 10
vm.dirty_writeback_centisecs = 1000
を追記
6.locate用のcronをdailyからweeklyに移動する。
sudo mv /etc/cron.daily/mlocate /etc/cron.weekly/
7.Firefoxのキャッシュを「/tmp」に置く
8./var/tmpと/var/logを別HDDに移動(/mnt/sdd5/var以下へ)
9.homeフォルダ内の一部を別HDDに移動してシンボリックリンクを張る
/home/show/.filezilla
/home/show/.jd
/home/show/.mozilla
/home/show/.mozilla-thunderbird
/home/show/.thumbnails