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使って頂いてありがとうございます。設定修正してみます。
（環境関係の設定が未だ良くわかってませんが．．．）

ls2ch使ってみました。
flexとbisonの追加インストールで問題なくビルド完了しました（Fedora19)
最初ちょっと使い方がわからなくて戸惑いましたが、
コマンドのパラメーターで現在の閲覧状態をコントロールしてるんですね
これならシェルからsed awkで操作するようなスクリプトも書けますね
UNIX系はこう言うスタイルのほうが流儀にあってるのかなぁ

autoXXX系のツールを使いこなしてらっしゃる様でうらやましいです。
autoconfの公式のpdfを読んでみましたが、最初の方のページだけ読んで放置状態です
（英語超苦手。でも勉強したい）自分に必要なのはいきなり細かい説明じゃなくて
オライリーの本みたいに体系的に解説してくれる本なんだけど．．．