980です。antix 17.1 本家版です。自己解決しました。以下のようにしたら。テキストエディタや
Texmakerなどで「あ」にきりかわる機能が復活しました。

エディタで /usr/local/bin/desktop-session を管理者権限で開く。
83行あたりから環境変数のエスクポートをやっているので、そこに次の3行を追加する。

say "Exporting desktop Variables:"
say "DESKTOP_SESSION_CODE=$code"
export DESKTOP_SESSION_CODE="$code"
say "DESKTOP_SESSION_WM=$wm"
export DESKTOP_SESSION_WM="$wm"
say "DESKTOP_SESSION_IM=$im"
export DESKTOP_SESSION_IM="$im"

## この後に次の3行追加
export XMODIFIERS="@im=fcitx"
export GTK_IM_MODULE=fcitx
export QT_IM_MODULE=fcitx