GNOME対応になってるVLCというものが存在します。
例えば、
http://download.videolan.org/vlc/0.8.6/SuSE/Factory/repodata/repoview/vlc-gnome-0-1.1.2-2.7.html
だからGNOME環境かどうか、GNOME環境対応でコンパイルされているかどうかで、
挙動が変わることはありえます。