GNOMEからではなくて、CUIモードで起動してrootでCent7.3から最新にyumアップデートしたら
デスクトップファイルがアイコン表示ではなく普通のファイル表示に戻ってしまい、
実行すると「信頼できないアプリケーションランチャーだけど信頼するか？」と警告が出るようになりました
そして実行するとアイコン表示に戻る
その他にもデスクトップに関する個人カスタマイズが初期化されていました
これってGNOME仕様ですか？
回避するには、アップデートはGUIログインしてそこで実行すべきなんでしょうか？