>>805
CentOSは使ってないが、CUIでもGUIでもパッケージのアップデートは変わらんはず。
まあUbuntuだとGUIからのアップデートは一部が遅延配信されるらしいので、
コマンドを使った方が早い時期にパッケージを最新にできたりするようだけど。

それはさておき設定が初期化されたのは何らかの問題が生じたからで、
おそらくアップデートしたバージョンのGNOMEが既存の設定を読み込めなかったから破棄したんだろうけど、
何故そうなったのかは分からん。
GNOMEのメジャーバージョンを上げたら設定が変になったとか吹っ飛んだとかは別に珍しくはないような気はするが、
ArchならともかくCentOSでそうなってしまったのはちょっと気になるね。

とりあえず設定が吹っ飛ぶのはおかしいのでバグ報告されていないかどうか確認して、
されていないならバグとして報告してみてはどうだろう。