kvmのモジュールも入ってるようですし、パッケージもOKみたい。
modprobe -l | grep kvm
kernel/arch/x86/kvm/kvm.ko
kernel/arch/x86/kvm/kvm-intel.ko
kernel/arch/x86/kvm/kvm-amd.ko

なんで新規作成でkvm.koがないっていわれるんだろう？