してきた。

まずArialが無い状態でfc-cache -fvして再起動、YouTubeの日本語字幕が表示されることを確認。

次にArialのインストールだが、ubuntu-restricted-extrasをインストールし直すと
sourceforgeからフォントファイルをダウンロードしてきてウザいので、
デュアルブートしているWindows7のWindows/FontsにあるArial

arial.ttf arialbd.ttf arialbi.ttf ariali.ttf ariblk.ttf

を/usr/share/fonts/truetype/msttcorefontsにコピー、
fc-cache -fvして再起動した後、YouTubeで日本語字幕表示させたら豆腐になってた。

んで、sudo rm ari*とfc-cache -fvした後再起動して、
YouTubeで日本語字幕表示させたら普通に問題なく表示された。

やっぱArialのせい。

しかし>>128のようにArial入ってても問題ないって人が居ても普通だと思う。
何故なら>>122の方法でも文字化けが直らなかったって人を見かけたことがあるから。
正直フォント周りの設定は訳わからん。