GNOMEでいうalacarte(メニューエディタ)かな
$ mozo
だと思う。

ちなみにGNOMEもMATEもそうだけど、[種類]に「端末内で起動する」とかいう設定は
指定しないほうが良いかも。起動出来ない場合があった記憶がある。
例えばtopを端末内で起動するのを登録したければ、
mate-terminal -e "top"
を[種類]「アプリケーション」で登録。

的外れならすみません。