入れなおすなら、削除後に ~/.config/mate/ が残っていたら手動で消して、
まっさらにしたほうが良いかも。

ところで、Debian7wheezyにver1.6のMATEを入れて試してみたんだけど、
テーマをいじくりたおしてみたら、topコマンドでmate-appearanceが
何個も立ち上がってしかもCPUを(合計で)100%使っている。

再現性100%
1.端末を起動してtopを動かしておく
2.デスクトップで右クリックして[背景の変更]-[外観の設定]ウィンドウを開く
　[カスタマイズ]ボタン-[テーマのカスタマイズ]ウィンドウを開く
　[コントロール]で適当なコントロールを選ぶ
　　(現在のコントロールをクリックするだけ(変更なし)でも良い)
　[閉じる]-[閉じる]
3. 2.を何度か繰り返す

すると、2.を実行した回数だけmate-appearanceがtopの上位で動いているのが確認出来る。
2個だと、それぞれ50.0%くらい使っている。
5個だと、それぞれ20.0%くらい使っている。
もちろん、他のアプリ(Firefoxのスクロールなど)の動作にも影響し遅くなる。
GUIをログアウトしてCUI(Ctrl+Alt+F5など)でtopで確認してもmate-appearanceが動いている。
killで消したら他のアプリはサクサク動く。
PC再起動したら消えている(当然だと思うが)。

MATE1.6を使っている人は、こんな症状起きていませんか?