>>531
thunarの名前変更ダイアログであればthunarのソースをいじって改造するか、
wmctrlで位置・サイズを変更することしか思いつかない。
役に立たないかも知れないけど、wmctrlで位置・サイズを変更するには、以下のようにする。

0. 例えばファイル "dummy.dat" の名前を変更する名前変更ダイアログのタイトルに「の名前の変更」が
  含まれているならコマンド
wmctrl -lxG | grep "の名前の変更"
  を実行するとそのダイアログの情報が
    > 0x0160012d 1 730 362 300 118 thunar.Thunar deb8 "dummy.dat" の名前の変更
  みたいに返ってくるので

1. 名前変更ダイアログが出ている状態で以下のコマンドを打つと幅が 600 になる(bash以外では動作確認していない)
ID_TN_RN=`wmctrl -lx | grep "thunar.Thunar" | grep "の名前の変更" | sort -r | head -n1 | cut -f 1 -d " "`
wmctrl -ir $ID_TN_RN -e 1,-1,-1,640,118
  ちなみに -1,-1,600,120 は、X位置,Y位置,幅,高さ。X,Yは-1を指定すると元の位置

2. 1.のようなシェルスクリプトを作ってホットキーに割り当ててダイアログ表示させたらホットキーで実行するか、
  ダイアログが現れる($ID_TN_RNに何か有効な値が入る)まで無限ループで監視するシェルスクリプトを
  xfceログイン時に起動して走らせるとか…

ps.thunarのソースのいじるべき場所や、他の方法は識者に任せます。