B25で処理してTSSplitした後のTSファイルの編集ってどうしています？

なかなか上手く行かないのですが
・Avidemux2でPS(Video=copy,Audio=AC3)に変換 → Avidemux2で編集
　Ubuntu13.10では動くが0.5秒程度音ズレ発生、14.04では音声が未編集の状態で出力される
・avconv(ffmpeg)でmp4(vcodec=copy,acodec=copy)に変換してAvimdemuxで編集
　Ubuntu14.04では音声が未編集の状態で出力される
・avconv(ffmpeg)でMpeg2PS(vcodec=copy,acodec=ac3)に変換してAvimdemuxで編集
　Ubuntu14.04では音声が未編集の状態で出力される
・avconv(ffmpeg)でAVI(vcodec=copy,acodec=copy)に変換してAvimdemuxで編集
　Ubuntu14.04ではAvidemuxで動画側がズレまくり(動画だけシークの移動量が10倍)
・avconv(ffmpeg)でMKV(vcodec=copy,acodec=copy)に変換してAvimdemuxで編集
　Ubuntu14.04ではAvidemuxで音声側がズレまくり(音だけ超高速で再生)
二進も三進も行かず、もう何が何やら