なんか色々変だぞ
ドキュメント読んでちゃんとインストールしたか？ スキンやinput.conf は.asx関係ないし...

・configの書き方
> Warning unknown option -playlist at line 2
.confファイルではオプションの前の"-"は書かない
そして.desktopファイル固有の%uは使えない
(.configではユーザーが渡した引数を知らないしアクセスできない）から
asxについては、コマンドラインで mplayer -playlist .... と毎回書く必要がある
>>359 は -cache=1500の部分はconfigに指定しておけば省略できるよねってことでしょ

でもmplayerをコマンドラインからでなくGUI環境から起動するなら、
こういう目的(特定のMIMETYPE[asx]に対して使うコマンド/オプションを指定する)ことにこそ
.desktopファイルを使うんじゃないのか
MimeTypeをasx関係に限定して>>355のExec=にしたdesktopファイルを作ればASXの時だけ-playlist付けて起動できる

コマンドラインであえて自動的にasxの場合だけ-playlist付けようとすると、
ユーザーの渡す引数のうちどれがasxのURL/ファイル名かパースして-playlistを前にくっつけるという
スクリプト書くことになって面倒だから、 上のGUI用の設定しておいて ”xdg-open <URL>”した方が楽

・input.confが無いと言われるのはきちんとインストールしてないから
インストールしたなら${prefix}/etc/mplayer/にあるはずだし
インストールしないで使うなら etc/input.conf や etc/example.conf見て ~/.mplayer/{input,mplayer}.confを作る

・>>362 のスキンの問題
その同じページで
> that this problem is Fixed in svn r34603
という報告もあるけど そもそも PNGのread errorは出てるの?
Ubuntuがまだアップデートしてないんだったら 文句はubuntuに言うかディストリ変えれば良い
そもそも軽いのがいいといいながらなぜGUIつけるのかがわからん
余計な飾り無しでキーボードで操作できるのがいいとこだと思うが