自分の場合、開発をアプリごとに新規で立ち上げた VirtualBox(Vagrant) のゲスト OS 内で
やっているので、DB を含むアプリで使うミドルウエアは ゲスト OS に入れることにしてます。

今のところ Docker の使いどころは、リモート環境へ配布するときに Vagrant 内で
Docker イメージを作ってそのままデプロイできるってあたりかなと思ってます。