今のままでええやん。
Windows から移行してきて (いや、併用してるけど) 間もないとき、
home ディレクトリ別ドライブに割り当てたら、再インスコ時もマウントし直すだけで
デスクトップに関してはすべて元通りに復旧するのはちょっとしたカルチャーショックだった。

まあ強いて言えば /usr/local と /opt の使い分けがよーわからんぐらいかな。