あと、ntpdのバージョンが4.2.6以上でNICTを指定するなら
pool ntp.nict.jp iburst
のほうがいいと思う

参考URL
Automatic Server Discovery
http://doc.ntp.org/4.2.6/manyopt.html#pool
※Server Pool Schemeの項目

manも更新してないから、みんな使えるって知らないっぽいし、
初心者向けのNTPサーバ構築も昔ながらの書き方ばっかりだから浸透しないけど
NICT自身はpoolで書いてねって言ってるんだけど

CentOS 7はデフォルトでchrony採用してるんだけど
こっちも挙動はおかしいね
OS起動時のNTPサーバとの同期はうまくいくけど
サービス再起動なんかするとntp.nict.jpと同期は取れなくなるな

今は、emege -u world掛けてるから後で再起動してみるわ

chronyだとntpdateも使えないし、NTPサーバはntpdがいいのかね
netdateもうまく動かなかったし

OpenNTPDはどうなんだろう