>>500
正式な手順ってあるのかな。
自分がやるなら、
・profileがdesktopになってないことを確認する
・equery d xorg-server で依存関係ツリーを調べる
　　(equeryは、emerge gentoolkit で入れられます)
…って所でしょうか。
さっくりとクリーンインストール出来ればベストなのは分かってるだろうから、きっと出来ない理由があるんだろうなぁ