https://ubuntuforums.org/showthread.php?t=2061712
https://ubuntuforums.org/showthread.php?t=2227981

違う制御系だけど、fancontrolというfan speedをシステムで調節する
パッケージを入れた、14.04の時は再起動時にずっとファンが全開
どこからか解決法を探して、デフォのファン回転数を設定
16.04にアップデートしたら、システムが終了する際にファンが全開に戻った
以前はinit.dで制御していた系もsystemctl.dにかわり、またやり直しかと

ま、linuxの構造上どこかに設定ファイルがあって、その数値を拾っているから
設定ファイルを探し当てれば解決することが多い
ファンの回転なら、ログアウトする前に強制的に任意の数字にする
輝度だったら、ログインした後色々書き換えられた後に
/sys/class/backlight/acpi_video[0-1]/*
/sys/class/backlight/intel_backlight/*
これらの中身をcat や grep使って比較して、然るべき値に書き換えればいいのでは？