shellならその設定file自体で埋めれるだろうけど。
面倒なやり方だろうけれど私はこうしてる。

元となる設定ファイルから、びびたる違いをsedやm4で
defineによる条件分けに対応できるようにする。
makefileで条件分けする。出来上がったものをcpする。

共通化しても問題がおきない事が明白な場合はnfsなり
rsyncなりを使ってる。