割とWindows使ってる人もLinux使ってる人も的はずれなレスが多いから以下のURL見てくれ。
https://qiita.com/yuba/items/669f718fe6e62dbaab19
俺はFHSのほうがまだ直感的でいい。binはバイナリー、libはバイナリーだし。Windowsの重くなる原因はレジストリだったりするし。
複雑に見えるのは全部見せてるからで、Windowsは見せやすいところしか見せないから複雑に見えないだけで、Windowsのほうがもっと複雑だろ。