Linuxのアプリがそのまま持っていけるわけじゃなくて動かせるものは
殆どコマンドラインツールだし、それにしたってLinuxは大抵glibcだけど
cygwinは違うから挙動が変わって閉口するしかなかったり

Linuxと似てるという言い方は百歩譲って許したとしても互換性は低いから
完全に別物だと割り切らないとやってられない
ていうか、殆どの人はLinux互換だなんて思ってないだろ

Interixをもっと使いやすく発展させて普及させなかったことが悔やまれる