CygwinをLinuxとみなすかだけど、

あるアプリを作りましたー。
少しOS依存しちゃいますー

CentOSの場合は・・・
Debianの場合は・・・
Ubuntuの場合は・・・
Cygwinの場合は・・・

ってなるからLinuxとみなしていいと思うな。