デスクトップって意味ではlinux+javaは普及しないけど、バックエンドはここ数年はこの組み合わせばっかりじゃないの？
自分の見てる世界が狭いからかもしれないけど、windowsサーバと.netで構築するバックエンドは見ないわ。
だからlinux+javaがオワコンってのはないんでは？
普及の理由はコストだろうから、パフォーマンスの良し悪しの市場判断にはならないけど。