ちなみにVLCだけじゃなくて他のプレイヤーも同じ症状で
VLCの設定をリセットしたら連動するように>>211みたいになった・・
xubuntuアップグレードしたときに動画周りの何かをインストールした気がするんだけどそれが原因なのかな