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以下はXubuntu16.10の環境で調べた範囲で答える

もし良かったら設定を元に戻してから cp -L /usr/share/icons/default/index.theme ~/.local/share/icons/default/ して(コピー先が存在しなければ予めディレクトリを掘っておく)コピーしたファイルを変更しても機能するか試してみてほしい

なお、もし上記でダメだった場合は、sudo update-alternatives --config x-cursor-themeするのがたぶん正着手