試しに
$ xinput list
で対象のマウスっぽいやつのidを確認(以下ではIDとする)、
$ xinput test $ID
してマウス動かしたりするといろいろ出力されるか確認、出力されるならCtrl+Cで終了
$ xinput list-props $ID | grep "libinput Natural Scrolling Enabled"
でなんか出てくるか確認
なんか出てきて、その最後の数字が0ならVAL=1、1ならVAL=0として、
$ xinput set-prop $ID "libinput Natural Scrolling Enabled" $VAL
で逆にしてみても駄目かな？
わかりづらくてごめんね