例えば wine の中で microsoft office 動かしたとして、excel のマクロで書かれたウィルスとかは当然機能する。
アプリが乗っ取られれば meltdown ようなハードを対象とした攻撃ができる。
その他にアプリの穴をついてロボットを仕込むとかも可能。
一方で windows kernel や windows の起動システムやサービスに対する攻撃はできない。そもそんなものは存在しないので。