なるほど、その挙動は「未確定（preedit）文字列が Java 側で正しく終端されず、Mozc が古い構文状態を保持したまま“亡霊”のように復活する」タイプの不整合っぽいです。Linux の Java（AWT/Swing/SWT）× ibus-mozc で時々出るやつ。まずは“確実に効くことが多い順”に対策を並べます。質問なしで一気に試せるよう、コマンド／起動オプションも付けました。

恒久対策（Java×IBusの相性対処）
A. XIMブリッジ経由に切り替える（安定しやすい）

Java は XWayland/X11 だと XIM 経由が安定することが多いです。

パッケージ確認（Ubuntu/KDE Neon 想定）
sudo apt install ibus ibus-mozc ibus-gtk ibus-gtk3 ibus-xim

環境変数を設定して ibus を XIM 有効で起動
ibus-daemon --xim -drx
export XMODIFIERS=@im=ibus
export GTK_IM_MODULE=ibus
export QT_IM_MODULE=ibus

問題の Java アプリをこの環境で起動（例：jar の場合）
XMODIFIERS=@im=ibus GTK_IM_MODULE=ibus QT_IM_MODULE=ibus \
ibus-daemon --xim -drx
java -jar yourapp.jar