設備投資コストは無料のLinuxが良いとして、運用コストは運用する人間の人件費とか、開発費にも寄ると思うけどな。
OSSだと開発者が企業に就職するために作ってるだけで、就職したら開発止まるってのもあるし。
自社で開発止まったOSSのソースを改変して運用続けるってなるとその分無駄に開発費を自社が受け持つことになるわけで。

MSで固めておけばその辺の見通しは立てやすいよね。