package_B が使われていなければ、削除されるけど、
他のパッケージから、使われていれば削除されないから、大丈夫

よく知らないけど、普通、パッケージマネージャーは、
他のパッケージから使われている、参照カウントを数えているから、
カウントが1以上のものは削除されない

0になって初めて、削除される

ただし、同じパッケージマネージャーを使っていないものは、管理外