俺のやり方。yama-natukiさんのドキュメント及び過去スレのまとめ。うまくいかなかったらすまん。

githubで更新

パッケージのインストール
sudo apt-get install libgtkmm-2.4-dev libgnutls28-dev libsm-dev libtool automake git

#!/bin/bash
git clone -b test --depth 1 https://github.com/yama-natuki/JD.git jd
cd jd
sh autogen.sh --prefix=prefered_install_path make make install
./configure
make CXXFLAGS+="-std=c++11"
sudo make install

自分の場合(xubuntu)、2chproxy.pl（最新）を~hoge/binに置き、自動開始アプリケーション
に登録している。ＪＤの起動はメインメニューのショートカットからできる。
その他、ＪＤが正常に作動したらjd.conf、session.infoはセーブしておいたほうがよいと思う。